Из-за глобального потепления в первой половине XXI века человечество потеряло большую часть суши: города и пашни ушли под воду. И как будто этого было мало, в один совсем не прекрасный день в океане появился загадочный «Флот тумана», практически целиком состоящий из футуристических водоплавающих вундерфавлей.
Самые передовые человеческие разработки им в подметки не годились, а вёл себя Флот достаточно агрессивно, чтобы после кровопролитной войны отбить у выживших желание бороздить морские просторы на постоянной основе. Спустя семнадцать лет после описанных событий, в руки некоего Гундзо Чихайи и его товарищей каким-то образом попадает одна из подлодок «Флота тумана». Креативно переименовав её в I-401 и заручившись поддержкой Йоны, антропоморфной манифестации этой самой подлодки, ребята бросают вызов всему «Флоту тумана».